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先述の通り、Eclipseはワークスペース単位で開発環境一式の情報を保持しています。
筆者は、開発環境をバックアップのため、その日の開発作業が終わる度にワークスペースのフォルダを丸ごとコピーし、日付を付けて保管しています。これでいつでも昔の環境に戻って開発を再開できます。
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